本部に同業他社のことを質問するのはマナー違反ですか？

むしろ積極的に聞いてください。

後ろめたいことがない限り、嫌がる本部はありません。
「まずは自社の差別化ポイントをしっかり説明します。もし他社の評判も聞かれたら、慎重に言葉を選びながら事実を伝えますね。悪口ととらえられたら自社の評判を落としかねません。でも、加盟者が同業他社について理解することは、開業後の成功確率を高める重要な要素にもなりますので」（FC関係者）。

加盟金にせよ、商品の魅力にせよ、同業他社とくらべて何が違うのか直接質問してみましょう。