検討した結果、加盟するのをやめようと思います。本部に断りの連絡を入れるべきですか？

はっきりと意思を伝える方がよいでしょう。

心苦しいのはわかりますが、お互いのためにそうするほうがよいでしょう。意思表示しなければ、本部から連絡が来る可能性も高いですし、本部も状況を知りたいはずです。ちゃんとした理由を告げなければと気負う必要は全くありません。「担当者とウマが合わなかった」「独立しないことにした」「もっといい本部が見つかった」など正直な理由を伝えましょう。断る勇気も経営者に必要な素質だと考え、必ず連絡するようにしてください。