加盟金の額はなぜ本部によって違うのですか？

各本部が独自に算出するためです。

加盟金についてはQ&Aの13で説明した通り、本部が独自で設定するため金額に差が出て当然なのです。FC業界共通の設定基準もありません。

したがって、内容のわりに低価格に見える本部もあれば、加盟店の募集広告費用まで組み込んでいる本部もあるというのが現状です。また、開業にかかる資金は同業他社にくらべて低めでも、ロイヤリティの設定が高めというケースもあります。
いずれにせよ、金額に見合う価値があるかどうか複数の本部と比較しながら検討し、納得のうえで加盟を決断しましょう。